Azərbaycan tarix elminin inkişafında mühüm xidmətləri olan görkəmli akademik, Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müşaviri Yaqub Mahmudov elm tariximizdə bir çox uğurlara imza atmış alimlərimizdəndir. Hələ sovet rejiminin hökmranlığı dövründə – 1966-cı ildə Yaqub müəllim milli dövlətçilik tariximizi tədqiq edərək, Azərbaycan Ağqoyunlu dövlətinin çoxsaylı Avropa və Asiya dövlətləri ilə geniş əlaqələr saxladığını sübuta yetirib. Tarixşünaslıq elmimizdə ilk dəfə olaraq XV-XVII əsrlərdə Azərbaycanın Avropa ölkələri ilə geniş diplomatik əlaqələr saxladığını və həmin ölkələrlə danışıqlar aparmış bir çox Azərbaycan diplomatlarının adlarını üzə çıxarıb.
Bu günlərdə aparılan araşdırmalara əsasən akademik Yaqub Mahmudov “Google Scholar”da “Azərbaycan tarixi” (History of Azerbaijan) üzrə 18 alim arasında birinci yeri tutub.
Təkcə ötən ilin elmi müraciətlərinə nəzər salsaq, Yaqub Mahmudovun əsərlərinə 450-yə yaxın istinad edilib. Ən çox istinad isə onun “Ağqoyunlu və Səfəvi dövlətlərinin Qərbi Avropa ölkələri ilə qarşılıqlı əlaqələri (XV əsrin II yarısı – XVII əsrin əvvəlləri)” adlı əsərinədir.
Fədakar maarifçi, təhsil təəssübkeşi kimi Yaqub müəllim Azərbaycan təhsilinin inkişafı istiqamətində müstəsna xidmətlər göstərib.
1992‐ci il dekabrın 16‐da Azərbaycan Respublikasının Milli Məclisi məhz Yaqub Mahmudovun təşəbbüsü və təqdimatı ilə müstəqillik dövrünün ilk Təhsil Qanununun qüvvəyə minməsi barədə qərar qəbul edib və beləliklə, ölkədə müasir təhsil sisteminə keçilib.
1991‐ci ildə – Azərbaycanda fövqəladə vəziyyət rejiminin tətbiq olunduğu dövrdə Yaqub Mahmudovun rəhbərliyi ilə orta ümumtəhsil məktəbləri üçün üzərində Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin üçrəngli bayrağının təsviri olan ilk “Azərbaycan tarixi” proqramı nəşr olunub. Müstəqillik dövründə orta ümumtəhsil məktəbləri üçün ilk “Azərbaycan tarixi” və “Orta əsrlər tarixi” dərsliklərinin yaradılması da onun adı ilə bağlıdır. Həmin dövrdə ilk dəfə olaraq bütün türk dövlətlərinin tarixi “Orta əsrlər tarixi” dərsliyinə daxil edilib və türk imperiyalarının dünya tarixində yeri və rolu geniş işıqlandırılıb. Köhnə dərsliklərdən fərqli olaraq, bu dərsliklərdə türk‐müsəlman xalqlarının tarixi və mədəniyyətinə geniş yer verilib. Yaqub müəllimin hazırladığı “Ata yurdu” dərsliyi isə 2003‐cü ildə Azərbaycan tarixinə aid yeni elmi baxışa və dərslik mədəniyyətində uğurlu səhifə açdığına görə “İlin dərsliyi” seçilib.
Yaqub Mahmudovun baş redaktorluğu ilə Xalq Cümhuriyyəti tarixinin bütün sahələrini əhatə edən ilk fundamental elmi soraq əsəri – ikicildlik “Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Ensiklopediyası” nəşr olunub.
Onun həmmüəllifi olduğu “Qarabağ: real tarix, faktlar, sənədlər” kitabında ilk dəfə olaraq Qarabağ tarixi bütöv halda – ən qədim dövrlərdən bu günədək təkzibolunmaz sənədlər və fotomateriallar əsasında şərh olunub.
Yaqub Mahmudovun rəhbərliyi, həmmüəllifliyi və elmi redaktorluğu ilə ilk dəfə “İrəvan xanlığı: Rusiya işğalı və ermənilərin Şimali Azərbaycan torpaqlarına köçürülməsi” kimi fundamental tədqiqat əsəri işıq üzü görüb.
2007-ci ildə Yaqub Mahmudovun rəhbərliyi və həmmüəllifliyi ilə erməni saxtakarlarının Naxçıvana qarşı ərazi iddialarını ifşa edən əsər – “Naxçıvan: tarixi və abidələri” adlı elmi araşdırma dərc olunub.
